1、DNA倍體分析
　　DNA分析是流式細胞儀最初且是現(xiàn)在應(yīng)用廣泛檢測項目。由于惡性細胞DNA含量通常與正常細胞不同，存在異倍體細胞，所以現(xiàn)有很研究評價異倍體細胞與腫瘤惡性度及其預(yù)后的關(guān)系。DNA含量檢測還可提供細胞周期方面的信息，這在細胞生物學(xué)中運用很廣泛。特別地，它可表示出細胞毒性藥物對細胞作用過程。這些DNA檢測還可與細胞表面標志物標記同時進行，這樣在細胞混合培養(yǎng)中，可通常追蹤表達特異標志物的細胞顯示其生長周期情況。所有方法都是基于染料能與核酸起特異的化學(xué)反應(yīng)并發(fā)射出熒光，常用的染料為PI，DAPI。
　　在該領(lǐng)域Partec公司的 CyFlow PA是一枝獨秀。
　　2、細胞生存能力實驗
　　使用Heochest 33342染料與DNA特異性結(jié)合，后因細胞活力不同染料的結(jié)合程度也各異，故可評估細胞的活性度。
　　3、計數(shù)外周血中檢測網(wǎng)織紅細胞
　　使用TO染料能夠特異性地與RNA結(jié)合，結(jié)合系數(shù)高達3000，故具有很好的性價比。
　　4、外周血、骨髓采集物中CD34陽性干細胞計數(shù)，臨床上用于骨髓移植前干細胞數(shù)理的測定。使用標準ISHAG方案，需要DNA或其他核染料占用FITC通道，PE標記CD34抗體，PE-CY5標記CD45抗體。
　　5、交叉淋巴細胞、粒細胞毒實驗
　　檢測識別供體血清中免疫球蛋白與受體粒細胞之間是否存在反應(yīng)有著重要臨床意義，因為這種反應(yīng)會導(dǎo)致移植后發(fā)熱、移植后肺損傷及免疫性粒細胞缺乏癥。流式細胞儀可檢測全血樣本與血清孵育后粒細胞上結(jié)合的人免疫球蛋白。FITC標記人免疫球蛋白抗體、PE標記粒細胞表面標志物、PE-CY5標記HLA抗體。
　　6、血小板自身抗體檢測
　　血小板自身抗體識別人血小板抗原，會引起各種臨床相關(guān)癥狀，如新生兒自免性血小板減少癥、輸血后紫癜、難治性血小板減少。流式細胞可快速準確地檢測血小板自身抗體。FITC標記抗人免疫球蛋白抗體、PE標記識別血小板抗體。
　　7、移植交叉配型
　　原細胞毒實驗，主要用于避免移植物超急性排拆反應(yīng)。流式細胞儀用于監(jiān)測T或B細胞是否受到受體血清中免疫球蛋白攻擊，作為HLA配型前的預(yù)實驗。流式細胞儀因其高精確性已成為該領(lǐng)域內(nèi)的金標準。FITC標記抗人免疫球蛋白抗體、PE標記識別T細胞CD3或B細胞CD29抗體。
　　8、檢測細胞經(jīng)抗原或細胞有絲分裂刺激后活化效應(yīng)淋巴細胞早期活化指標CD69可用來檢測免疫治療效果。流式細胞使用三色分析可監(jiān)測淋巴細胞各亞群活化情況：FITC標記的CD3抗體、PE標記的CD8抗體、PE-CY5標記的CD69抗體。
　　9、細胞增殖狀態(tài)檢測
　　核增殖抗PCNA、Ki67、BrdUrd用于衡量細胞增殖分裂狀況，在評估腫瘤預(yù)后有重要意義。為些標志物的檢測一般同細胞表面標志物同時檢測。FITC標記PCNA或Ki67或BrdUrd，PE或（并）PE-CY5標記細胞表面標志物。
　　10、染色體分析
　　流式細胞儀染色分析運用兩種特異性染料：Hoechest33258與核苷酸AT結(jié)合；Chromomycin A3與GC相結(jié)合。從而在雙參數(shù)坐標上根據(jù)染色體ATCG含量的不同識別各種染色體。平時進行的染色體分析耗時且需要操作者極具經(jīng)驗，而用流式細胞儀時可快速地識別出異常染色體，如加配分選系統(tǒng)可將這些異常染色體分選出來作進一步分析。