通常一根色譜柱在分析數(shù)千個(gè)樣品之后性能仍然保持良好，但也有的柱僅分析不多的樣品后幾乎就報(bào)廢了。影響柱壽命和其它問題的因素很多，而有些因素是操作者很難控制的，如果被分析的樣品(如分析生物樣品)，怎么凈化樣品也是“臟”的，好于色譜柱的影響是非常大的。然而采取下列措施后，在多數(shù)情況下總能夠人為地減少柱上故障，達(dá)到延長柱壽命的目的。
　　加流路過濾器和保護(hù)柱
　　流路過濾器緊靠進(jìn)樣閥后面，位于分析柱前。0.5μm燒結(jié)不銹鋼片夾在死體積很小的套子中，擋住來源于樣品和進(jìn)樣閥墊圈的微粒入柱。因?yàn)槊總€(gè)樣品都過濾既費(fèi)事又帶來誤差，樣品量少過濾更困難，因此流路上裝過濾器是比較省事的辦法。也可以在流路加上保護(hù)柱，放在流路過濾器和分析柱之間，或者代替流路過濾器。保護(hù)柱的使命是收集阻塞柱進(jìn)口的來自樣品的化學(xué)“垃圾”。這程垃圾最終隱藏低柱效能。保護(hù)柱應(yīng)該是小體積，用分析柱的同種填料填裝。保護(hù)柱使用得當(dāng)，對分離無影響，好像未裝保護(hù)柱一樣。有些廠商的商品將保護(hù)柱都是用短柱、不超過3cm長，內(nèi)徑2～3mm，用較大粒度的填粒(15～20μm)干法填裝，會(huì)使分析柱的效能有所降低。
　　避免高壓沖擊
　　一般色譜柱都能經(jīng)得起高壓，但經(jīng)不起突然變化的高壓沖擊。引起高壓突然沖擊，主要是因樣品閥的緩慢轉(zhuǎn)動(dòng)、泵起動(dòng)快，柱切換操作等。等面已討論過，轉(zhuǎn)動(dòng)六通進(jìn)樣閥時(shí)從泵到柱的液流會(huì)瞬時(shí)切斷。在閥的泵側(cè)壓力升高，在閥的柱側(cè)壓力降低(變化超過20%)。閥轉(zhuǎn)到底后壓力突然沖擊一下恢復(fù)正常，手動(dòng)進(jìn)樣閥的變化不大，自動(dòng)進(jìn)樣閥比較慢，可能造成壓力沖擊，可用氦氣代替空氣驅(qū)動(dòng)進(jìn)樣閥。因氨壓縮系數(shù)小。另外泵起動(dòng)不應(yīng)過快，可分步操作。如用3ml/min流速，先從1mL/min到2mL/min，然后再3ml/min，每個(gè)間隔應(yīng)大于20s。
　　柱切換技術(shù)的應(yīng)用也很廣泛，切換過程中在色譜柱的入口處壓力在零到很大數(shù)字之間變化，會(huì)很快使柱報(bào)廢。