電泳槽時(shí)凝膠時(shí)間不對(duì)，那么通常膠在60min，1H內(nèi)凝；
如果凝的太慢，可能是TEMEN，APS劑量不夠或者失效。
APS應(yīng)該現(xiàn)配現(xiàn)用，TEMED不穩(wěn)定，容易被氧化成黃色。
如果凝的太快，可能是APS和TEMED用量過(guò)多，此時(shí)膠太硬易裂，電泳時(shí)易燒膠。
紋理和托尾現(xiàn)：
由于樣品溶解不佳引起的，克服的方法可以在加樣前離心，增加一些增溶輔助試劑如尿素。
蛋白帶過(guò)寬，與鄰近泳道的蛋白帶相連時(shí)由于加樣量太多，可以減少上樣量。
電泳時(shí)間比正常要長(zhǎng)。
可能由于凝膠緩沖系統(tǒng)和電極緩沖系統(tǒng)的PH選擇錯(cuò)誤，即緩沖系統(tǒng)的PH和被分離物質(zhì)的等電點(diǎn)差別太小，或緩沖系統(tǒng)的離子強(qiáng)度太高。
指示劑成微笑符號(hào)(指示劑前沿呈現(xiàn)向上的曲線形)，說(shuō)明凝膠的不均勻冷卻，中間部分冷卻不好，導(dǎo)致分子有不同的遷移率所致。
指示劑成哭臉?lè)?hào)(指示劑前沿呈現(xiàn)向下的曲線形)，由于電泳槽的裝置不合適，尤其是凝膠和玻璃板組成的“三明治”底部有氣泡或靠近隔片的凝膠聚合不完全。
電泳槽密封條漏液(垂直槽)一般情況下，電泳槽較窄的密封條不易漏夜，反之較寬的則比較容易漏，此時(shí)先檢查：1、密封條是否老化或損壞，若已經(jīng)老化或損壞，應(yīng)更換密封條。2、如果密封條完好無(wú)損，目測(cè)檢查密封條是否有凹凸不平現(xiàn)象，如果有應(yīng)將密封條拆下進(jìn)行重新安裝。安裝時(shí)注意不要拉扯密封條，使其自然地嵌入密封槽內(nèi)，并保證安裝均勻，避免密封條出現(xiàn)凹凸現(xiàn)象。3、如果緩沖液是從密封條的中間漏出，則說(shuō)明漏處比兩邊凹（不在同一水平線上），我們則需要把密封條拆下，清理干凈槽內(nèi)膠粘劑，然后再將薄厚相當(dāng)?shù)恼厳l（如0.4毫米）粘在槽內(nèi)，以墊起凹下的密封條，使其與兩邊保持一致，此后再將密封條粘在槽內(nèi)即可。
電泳槽內(nèi)無(wú)電流（鉑緊電極上無(wú)氣泡）1、首先利用萬(wàn)用表檢查電泳儀有無(wú)輸出電壓（注意選擇直流電壓擋，輸出不得超過(guò)量程，以免損壞萬(wàn)用表）2、利用萬(wàn)用表電阻擋檢查電泳輸出線是否導(dǎo)通。3、利用萬(wàn)用表電阻擋檢查電泳槽電極插座與鉑金絲之間是否可靠導(dǎo)通，重點(diǎn)檢查輸出插座與插頭是否與連接鉑金絲的焊片緊密連接，如發(fā)現(xiàn)松動(dòng)請(qǐng)使用尖嘴鉗將其緊固即可，完畢進(jìn)行檢測(cè)若還沒(méi)有電流則檢查鉑金絲是否斷裂，若鉑金絲有斷裂跡象則用電烙鐵將其焊接，首先將助焊劑涂在鉑金絲上再用電烙鐵粘上焊錫將斷裂的兩段鉑金絲焊連即可。鋁扳散熱效果不佳先檢測(cè)鋁板與玻璃板之間有無(wú)縫隙，若有縫隙首先應(yīng)緊固螺栓，如果經(jīng)堅(jiān)固螺栓仍無(wú)法使鋁板與玻璃板帖平，可將鋁板拆下清理上面的污垢，根據(jù)縫隙的大小用相應(yīng)厚度的墊片將鋁板墊起，并保證鋁板的四邊平整（墊平后的鋁板平面應(yīng)低于密封條3-4毫米）。
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