1、使用時，被檢物體做的較標準很重要。如：切片厚度是否太厚，蓋玻片是否符合國標等。
2、顯微鏡物鏡按檔次可分為約6-8個檔，常用的為平場消色差物鏡。如鏡頭檔次太低，則成像質量會下降。因此，建議選擇平場以上檔次物鏡。
3、聚光鏡孔徑光欄，盡量和物鏡的數值孔徑相符。才能得到較佳的圖像分辨率。
4、調焦系統(tǒng)作為機械部分的重要部件，調焦精度也非常重要。對于生物學初學者或剛接觸顯微鏡的操作者，熟練的使用調焦系統(tǒng)，能快速找到圖像并聚焦，提高工作效率。
5、載物臺在觀察切片時，常做X，Y的移動。如：雙層的機械移動平臺，精度和穩(wěn)定性較好，能在觀察顯微圖像時提供好的成像質量。
6、非球面集光鏡能提供非常均勻的照明光線，所觀察到的顯微圖像襯度極佳。
7、視場光欄應根據觀察不同的被檢物體和物鏡倍率開啟到合適的位置，如開得過大或過小顯微圖像的視場亮度會受到影響。
8、照明系統(tǒng)如采用溫度低，色溫較高的照明裝置，觀察到的是分辨率和銳利度極高的顯微圖像。
9、采用柯拉照明系統(tǒng)，能調節(jié)光學的中心像。科研級的顯微鏡均采用此系統(tǒng)，為鏡檢和專業(yè)數碼顯微成像系統(tǒng)，提供優(yōu)質的顯微照片。
生物顯微鏡與金相顯微鏡的區(qū)別在哪里，好多對顯微鏡不熟悉的人會問道這個問題，導致他們在選擇顯微鏡的時候造成一定的困惱，
生物顯微鏡與金相顯微鏡的區(qū)別：
首先他們用來觀察的物體不一樣，金相顯微鏡用于工業(yè)，主要觀察金屬、巖礦等的內部組織、及半導體、電子工業(yè)進行晶體、集成電路的檢驗和科學研究。
生物顯微鏡與金相顯微鏡的區(qū)別生物顯微鏡用于學校、醫(yī)院、廣泛應用于生物、病理、細菌、組織、免疫、遺傳等教學、臨應實驗的領域。生物顯微鏡用的是透射照明，一般用來觀察透時和半透明的樣本，不能用來觀察不透明物體，而金相顯微鏡主要是落射照明方式（也叫同軸照明），光源從物鏡射出，主要用于觀察不透明樣本的表面，當然也有附帶透射照明裝置的較高級金相顯微鏡，可同時用于觀察透明樣本。所以在選擇顯微鏡的同時要先了解觀察的物體，根據不同顯微鏡觀察不同的物體來選配比較合適您的顯微鏡。
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