氣相色譜和液相色譜各有其優(yōu)缺點(diǎn)和應(yīng)用范圍：
氣相色譜采用氣體作為流動相，由于物質(zhì)在氣相中的流速比在液相中快得多，氣體又比液體的滲透性強(qiáng)，因而相比液相色譜，氣相色譜柱阻力小，可以采用長柱，例如毛細(xì)管柱，所以分離效率高。
由于氣相色譜毋需使用有機(jī)溶劑和價(jià)格昂貴的高壓泵，因此氣相色譜儀的價(jià)格和運(yùn)行費(fèi)用較低，且不易出故障。能和氣相色譜分離相匹配的檢測器種類很多，因而可用于各種物質(zhì)的分離與檢測。特別是當(dāng)使用質(zhì)譜儀作為檢測器時(shí)，氣相色譜很容易把分離分析與定性鑒定結(jié)合起來，成為未知物質(zhì)剖析的有力工具。氣相色譜不能分析在柱工作溫度下不汽化的組分，例如，各種離子狀態(tài)的化合物和許多高分子化合物氣相色譜也不能分析在高溫下不穩(wěn)定的化合物，例如蛋白質(zhì)等。
液相色譜則不能分析在色譜條件下為氣體的物質(zhì)，但卻能分離不揮發(fā)、在某溶劑中具有一定溶解度的化合物，例如高分子化合物、各種離子型化合物以及受熱不穩(wěn)定的化合物（蛋白質(zhì)、核酸及其它生化物質(zhì)）。
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液相色譜儀根據(jù)固定相是液體或是固體，又分為液-液色譜及液-固色譜。現(xiàn)代液相色譜儀由高壓輸液泵、進(jìn)樣系統(tǒng)、溫度控制系統(tǒng)、色譜柱、檢測器、信號記錄系統(tǒng)等部分組成。與經(jīng)典液相柱色譜裝置比較，具有高效、快速、靈敏等特點(diǎn)。 1、 泵。 泵是液相色譜儀的心臟。處于良好工作狀態(tài)的泵，基線平穩(wěn)，保留時(shí)間重現(xiàn)性好，梯度洗脫時(shí)壓力變化緩慢而且平穩(wěn)。 1)選擇優(yōu)質(zhì)的溶劑和試劑，在進(jìn)入儀器前用 0.45um 膜過濾，并進(jìn)行脫氣處理。 2)泵開始使用時(shí)，一定要用合適的流動相徹底清洗干凈。 3)定期檢查并更換在線過濾片及有關(guān)的墊圈，經(jīng)常清洗進(jìn)液處的微孔濾頭。 4)改變流動相時(shí)，應(yīng)注意沉淀的產(chǎn)生，以防止泵堵塞。 2、色譜柱。 色譜柱是化合物分離的關(guān)鍵。保養(yǎng)良好的色譜柱具有很高的塔板數(shù)，基線平穩(wěn)。 1)色譜柱比較嬌氣不能夠碰撞、彎曲或強(qiáng)烈震蕩;安裝時(shí)要保證閥件或管路的清潔。 2)流動相在使用前必須進(jìn)行脫氣處理，盡量不使用或少使用高粘度的流動相。 3)在滿足靈敏度的前提下，盡可能的使用小進(jìn)樣量。如果樣品比較臟，要進(jìn)行凈化或提純處理。 4)分析結(jié)束后要清洗掉進(jìn)樣閥中殘留的樣品，并用流動相或適當(dāng)?shù)娜軇┣逑瓷V柱。 5)如長期不用，用適當(dāng)?shù)挠袡C(jī)溶劑保存并封閉或定期補(bǔ)充合適的流動相。 3 、檢測器 分析完成后，馬上關(guān)閉檢測器。 4 、進(jìn)樣器 分析結(jié)束后反復(fù)沖洗進(jìn)樣口，防止樣品的交叉污染或堵塞。
? 與液相色譜柱的性能相關(guān)的因素很多，基質(zhì)（matrix）或者說擔(dān)體、載體的化學(xué)性質(zhì)、鍵合相（固定液）的化學(xué)性質(zhì)、填料形狀大小粒度分布、碳量和鍵合度等等。
色譜柱填料可以由基質(zhì)直接構(gòu)成，如硅膠、氧化鋁、高交聯(lián)度的苯乙烯-二乙烯苯或者甲基丙烯酸酯等等；也可以在這些基質(zhì)的基礎(chǔ)上涂布或化學(xué)鍵合固定液來構(gòu)成，如：經(jīng)典的各種ODS柱、氨基柱、氰基柱等。
一、基質(zhì)的特點(diǎn)：
1、 硅膠
硅膠是陶瓷性質(zhì)的無機(jī)物基質(zhì)，剛性大，不易變形?；瘜W(xué)性質(zhì)較穩(wěn)定，但對于水溶液尤其堿性水溶液仍然是不穩(wěn)定的，即使表面經(jīng)過良好的化學(xué)鍵合，覆蓋了固定液，還是要注意水、堿性溶液、酸性溶液對硅膠的溶解作用，基質(zhì)或者說是柱床（packed bed）溶解對色譜柱的影響是致命的。以硅膠為基質(zhì)的填料構(gòu)成了目前絕大多數(shù)的色譜柱填料。純硅膠填料適宜分離溶于有機(jī)溶劑的極性、弱極性的非強(qiáng)離解型的化合物，硅膠也可以做凝膠色譜但柱效較低。硅膠基質(zhì)鍵合固定相的高壓液相填料，有其他填料無法比擬的高分離效能。
2、 二氧化鋁
二氧化鋁和硅膠相似，但對水溶液、酸性堿性水溶液溶液更加不穩(wěn)定。所以，極少用作鍵合固定相的基質(zhì)，也是適宜分離溶于有機(jī)溶劑的極性、弱極性的非強(qiáng)離解型的化合物，尤其是分離芳香族碳?xì)浠衔?。酸性易離解的化合物容易在二氧化鋁上形成死吸附。另外，氧化鋁分離幾何異構(gòu)體能力優(yōu)于硅膠。
3、 聚合物填料
聚合物基質(zhì)受壓會變形，壓力限度低但pH使用范圍寬。苯乙烯-二乙烯苯基質(zhì)疏水性強(qiáng)，使用任何流動相，在整個(gè)pH范圍內(nèi)穩(wěn)定，可以用強(qiáng)酸、強(qiáng)堿來清洗色譜柱。甲基丙烯酸酯基質(zhì)比苯乙烯-二乙烯苯疏水性更強(qiáng)，但可以通過適當(dāng)?shù)墓δ芑揎椬兂捎H水性的。由于不耐壓、有溶脹性，所以聚合物填料適宜用于大分子像蛋白質(zhì)或合成的高聚物，另外還可以制成分子排阻、離子交換柱。近年發(fā)展迅速的大孔樹脂，實(shí)際上主體就是苯乙烯-二乙烯苯聚合物或類似的合成高聚物。
由于硅膠基質(zhì)的絕對地位，以下主要以硅膠為例。
二、形狀大小粒度分布
基質(zhì)要成為填料，首先要制成合適的形狀和大小。硅膠形狀有：薄殼型、無定形全多孔、球形全多孔，另外還有先做成微珠再堆積成球形全多孔的。通常只說不定形、球形。無定形全多孔的填料容易制備、價(jià)格低、粒度分布較均勻，但渦流擴(kuò)散大，滲透性差，比較難填裝出穩(wěn)定的柱床，一般用來做制備柱。球形全多孔填料渦流擴(kuò)散小，滲透性好；如果是硅膠先做成珠子再堆積而成的話，具有傳質(zhì)阻抗小、載樣量大的優(yōu)點(diǎn)，柱效也更高。球形填料外形對稱，比較容易填出穩(wěn)定的柱床。填料的大小一般不能直接測量，因?yàn)樘盍狭６扔幸欢ǚ植挤秶?，一般給出的大小只是用一定方法測得的表觀大小。填料大小與柱效、柱壓的關(guān)系為：柱效與填料大小成反比，柱壓與填料大小的二次方成正比。所以，快速分析柱使用3微米粒度的填料、一般做成5厘米長，就是為了降低柱壓；需要注意到降低粒度所得到的柱效增加跟不上柱壓的增加快。
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