菌落計(jì)數(shù)器有手動(dòng)計(jì)數(shù)與自動(dòng)計(jì)數(shù)二種選擇。其中的手動(dòng)計(jì)數(shù)器因費(fèi)時(shí)又費(fèi)力所以逐漸的被市場(chǎng)淘汰，取而代之的就是全自動(dòng)計(jì)數(shù)器。全自動(dòng)菌落計(jì)數(shù)儀因其使用的自動(dòng)化程度高、分析結(jié)果可核對(duì)、樣品信息可留存等，已逐漸被越來(lái)越多的科研院所、衛(wèi)生疾控部分所喜愛(ài)。如何選型，才能獲得性能卓越的菌落計(jì)數(shù)儀，并取得高性價(jià)比呢？這得從該類儀器的原理來(lái)解釋?，F(xiàn)今面市的所有全自動(dòng)菌落計(jì)數(shù)儀均是采用成像分析法實(shí)現(xiàn)自動(dòng)計(jì)數(shù)的，即由成像硬件+分析軟件所組成，這二塊內(nèi)容的任何一塊上出現(xiàn)失分，都會(huì)嚴(yán)重影響計(jì)數(shù)分析結(jié)果的穩(wěn)定性。
    成像硬件的選型
    成像硬件用于獲得清晰有效的菌落圖像，以便分析計(jì)數(shù)?，F(xiàn)今的成像硬件有拍照成像的、掃描成像的。由攝像頭拍照成像的優(yōu)點(diǎn)是：成像速度快，能確保在0.5秒內(nèi)獲得菌落圖像。由單反相機(jī)、卡片機(jī)拍照成像的優(yōu)點(diǎn)是：能自動(dòng)對(duì)焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的時(shí)間。然而，拍照成像的致命弱點(diǎn)是：成像環(huán)境中的光線強(qiáng)度，無(wú)論是暗視野，還是背光，想要做到圖像中心與邊緣保持完全一致，是不可能的。從而引起平皿上亮度的不一致，這就嚴(yán)重干擾了菌落目標(biāo)的自動(dòng)識(shí)別。因此，如果要選購(gòu)拍照成像的，其分析軟件就一定要具有背景矯正功能，以便自動(dòng)改善成像的效果。掃描成像與在燈箱中營(yíng)造均勻面光源不同，是將線光源通過(guò)移動(dòng)變成面光源的，因此光線強(qiáng)度非常均勻，其均勻度通常比拍照燈箱的面光源要高一個(gè)數(shù)量級(jí)，從成像硬件的根本上解決了菌落目標(biāo)的亮度不勻問(wèn)題，因此計(jì)數(shù)分析非常穩(wěn)定。目前，以300dpi分辨率（3482×2396像素成像）掃描6個(gè)90mm直徑平皿的速度，暗視野成像約12秒、背光成像約20秒，就其成像速度而言，與單反相機(jī)、卡片機(jī)拍照成像的速度相當(dāng)。由于掃描成像的光線均勻度遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于拍照成像，為獲得高質(zhì)量的成像效果，以便實(shí)現(xiàn)“傻瓜式”分析。掃描成像的另一優(yōu)點(diǎn)是：成像分辨率可調(diào)，單平皿成像最高可達(dá)4800dpi（即：25.4／4800＝0.00529mm/像素），是任何拍照成像遠(yuǎn)不及的?？梢灶A(yù)期：掃描成像將很快成為主流選擇。
    分析軟件的選型
    分析軟件是全自動(dòng)菌落計(jì)數(shù)儀的另一塊核心成分。因?yàn)榫渖锏拇嬖诙鄻有?，在培養(yǎng)基上的表現(xiàn)或顯像不可能大體一致，針對(duì)這類變化，在分析軟件選型上要考慮：對(duì)于各類成像干擾的自動(dòng)排除能力。比如：是否能自動(dòng)矯正背景，等等。另外，對(duì)于嚴(yán)重粘連在一起的團(tuán)裝、鏈狀分布菌落，將其自動(dòng)分割開(kāi)來(lái)的水平，也是評(píng)價(jià)分析軟件的考量指標(biāo)。尤其是：對(duì)于同類菌落的“一鍵”化的智能分類計(jì)數(shù)能力，以及對(duì)于菌落計(jì)數(shù)分類的自動(dòng)識(shí)別學(xué)習(xí)能力，更是評(píng)價(jià)分析軟件的關(guān)鍵考量指標(biāo)。現(xiàn)在比較好的分析軟件，還集成了對(duì)6個(gè)90mm直徑平皿的抑菌圈全自動(dòng)測(cè)量功能，以及對(duì)抗生素效價(jià)分析、藥敏分析功能，可避免用戶重復(fù)購(gòu)置成像用的硬件。一般分析軟件都具應(yīng)具備對(duì)于分析結(jié)果和標(biāo)記圖像的保存、查看功能。
    精準(zhǔn)、穩(wěn)定的傻瓜式操作
    全自動(dòng)菌落計(jì)數(shù)儀就是為了減輕工作人員工作強(qiáng)度的，在現(xiàn)今的高技術(shù)下，若還需要估算才能測(cè)出菌落數(shù)的話，應(yīng)是比較落后了?？梢缘氖牵耗堋安蛔儜?yīng)變”精準(zhǔn)、穩(wěn)定地傻瓜式操作的分析軟件，其對(duì)于菌落形態(tài)和樣品狀態(tài)的不確定性，能夠自動(dòng)適應(yīng)，以避免不斷地調(diào)節(jié)菌落分割參數(shù)，其較多由對(duì)話交互來(lái)擦除那些個(gè)污染部分，即可。