1、反相柱
分別用甲醇:水=90:10，純甲醇（HPLC級），異丙醇（HPLC級），二氯甲烷（HPLC級）等溶劑作為流動相，依次沖洗，每種流動相流經色譜柱不少于20倍的色譜柱體積.然后再以相反的次序沖洗。
2、正相柱
分別用正己烷（HPLC級），異丙醇（HPLC級），二氯甲烷（HPLC級），甲醇（HPLC級）等溶劑做流動相，順次沖洗，每種流動相流經色譜柱不少于20倍的柱體積(異丙醇粘度大，可降低流速，避免壓力過高).注意使用溶劑的次序不要顛倒，用甲醇沖洗完后，再以相反的次序沖洗至正己烷，所有的流動相必須嚴格脫水。
3、離子交換柱
長時間在緩沖溶液中使用和進樣，將導致色譜柱離子交換能力下降，用稀酸緩沖溶液沖洗可以使陽離子柱再生，反之，用稀堿緩沖溶液沖洗可以使陰離子柱再生。
另外，還可以選擇能溶解柱內污染物的溶劑為流動相做正方向和反方向沖洗。但再生后的色譜柱柱效是不可能恢復到新柱的水平的.如果柱子裝反了，可以調回來，但可能會造成柱內擔體塌陷.在不得已的情況下盡量不要反裝色譜柱。
高效液相色譜和氣相色譜在基本理論方面沒有顯著不同，它們之間的重大差別在于作為流動相的液體與氣體之間的性質的差別。
高效液相色譜分析原理：
一、高效液相色譜分析的流程：由泵將儲液瓶中的溶劑吸入色譜系統(tǒng)，然后輸出，經流量與壓力測量之后，導入進樣器。被測物由進樣器注入，并隨流動相通過色譜柱，在柱上進行分離后進入檢測器，檢測信號由數(shù)據(jù)處理設備采集與處理，并記錄色譜圖。廢液流入廢液瓶。遇到復雜的混合物分離極性范圍比較寬、還可用梯度控制器作梯度洗脫。這和氣相色譜的程序升溫類似，不同的是氣相色譜改變溫度，而HPLC改變的是流動相極性，使樣品各組分在較好條件下得以分離。
二、高效液相色譜的分離過程：同其他色譜過程一樣，HPLC也是溶質在固定相和流動相之間進行的一種連續(xù)多次交換過程。它借溶質在兩相間分配系數(shù)、親和力、吸附力或分子大小不同而引起的排阻作用的差別使不同溶質得以分離。
二、高效液相色譜的分離過程：同其他色譜過程一樣，HPLC也是溶質在固定相和流動相之間進行的一種連續(xù)多次交換過程。它借溶質在兩相間分配系數(shù)、親和力、吸附力或分子大小不同而引起的排阻作用的差別使不同溶質得以分離。
開始樣品加在柱頭上，假設樣品中含有3個組分，A、B和C，隨流動相一起進入色譜柱，開始在固定相和流動相之間進行分配。分配系數(shù)小的組分A不易被固定相阻留，較早地流出色譜柱。分配系數(shù)大的組分C在固定相上滯留時間長，較晚流出色譜柱。組分B的分配系數(shù)介于A，C之間，第二個流出色譜柱。若一個含有多個組分的混合物進入系統(tǒng)，則混合物中各組分按其在兩相間分配系數(shù)的不同先后流出色譜柱，達到分離之目的。
不同組分在色譜過程中的分離情況，首先取決于各組分在兩相間的分配系數(shù)、吸附能力、親和力等是否有差異，這是熱力學平衡問題，也是分離的首要條件。其次，當不同組分在色譜柱中運動時，譜帶隨柱長展寬，分離情況與兩相之間的擴散系數(shù)、固定相粒度的大小、柱的填充情況以及流動相的流速等有關。所以分離最終效果則是熱力學與動力學兩方面的綜合效益。
1、流動相的抽濾要求
色譜純試劑，二次蒸餾水，緩沖鹽一定要過濾。
2、吸濾頭
特殊情況下可拆下濾頭抽取以判斷其中是否堵塞；亦可用注射器吸取流動相通過吸濾頭打出以判斷其是否堵塞。若有堵塞情況可用異丙醇超聲波清洗；清洗不成功則需要更換。
3、單向閥
如遇到泵壓不穩(wěn)或流動相不能抽取，則可能是單向閥出現(xiàn)問題，卸下用異丙醇超聲波清洗，清洗時須按其安裝的反相放置在小燒杯中，切記不可與安裝方向倒置超洗！
4、泵頭
泵頭漏液或出現(xiàn)其它故障一般要申請維修(如漏液，或更換柱塞桿及其密封墊等)。
5、過濾片
當色譜峰出現(xiàn)異常情況時，有可能是此部件被污染，拆下用異丙醇超洗或更換過濾墊片。
6、排液閥
此處不能完全密封或漏液時一般是其中的墊片污染或磨損，可卸下后取出其墊片用異丙醇超聲波清洗或更換墊圈。
7、手動進樣器
平時應注意用二次蒸餾水和甲醇在裝載狀態(tài)及進樣分析狀態(tài)清洗；如出現(xiàn)漏液現(xiàn)象，原因極可能為轉子密封墊磨損或污染，一般須申請維修或更換配件。
8、流通池
在色譜峰不正常時可能是此部件被污染可拆卸后取出其中的墊片用異丙醇超洗(可根據(jù)說明書進行操作或申請維修)。
9、工作站
出現(xiàn)死機可重啟計算機；不正常運行時，首先可更換電腦測試其硬件故障；或在本機上重新插撥接口、重新安裝軟件。
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