質譜儀根據(jù)應用范圍一般分為有機質譜儀和無機質譜儀，兩種質譜儀在不同的應用范圍中又有不同的特點，具體應用特點如下：
一、有機質譜儀應用特點：
①氣相色譜-質譜聯(lián)用儀(GC-MS)
在這類儀器中，由于質譜儀工作原理不同，又有氣相色譜-四極質譜儀，氣相色譜 質譜-飛行時間質譜儀，氣相色譜-離子阱質譜儀等。
②液相色譜-質譜聯(lián)用儀(LC-MS)
同樣，有液相色譜-四級桿質譜儀，液相色譜-離子阱質譜儀，液相色譜-飛行時間質譜儀，以及各種各樣的液相色譜-質譜-質譜聯(lián)用儀。
③其他有機質譜儀，主要有
基質輔助激光解吸飛行時間質譜儀(MALDI-TOFMS)，傅里葉變換質譜儀(FT-MS)。
二、無機質譜儀應用特點：
①火花源雙聚焦質譜儀。
②感應耦合等離子體質譜儀(ICP-MS)。
③ 二次離子質譜儀(SIMS) ，但以上的分類并不十分嚴謹。因為有些儀器帶有不同附件，具有不同功能。例如，一臺氣相色譜-雙聚焦質譜儀，如果改用快原子轟擊電離源，就不再是氣相色譜-質譜聯(lián)用儀，而稱為快原子轟擊質譜儀(FAB MS)。另外，有的質譜儀既可以和氣相色譜相連，又可以和液相色譜相連，因此也不好歸于某一類。在以上各類質譜儀中，數(shù)量較多，用途廣泛的是有機質譜儀。
除上述分類外，還可以從質譜儀所用的質量分析器的不同，把質譜儀分為雙聚焦質譜儀，四級桿質譜儀，飛行時間質譜儀，離子阱質譜儀，傅立葉變換質譜儀等。
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