1、操作條件及應(yīng)用范圍不同：對于氣相色譜，是加溫操作。僅能分析在操作溫度下能汽化而不分解的物質(zhì)，對高沸點化合物、非揮發(fā)性物質(zhì)、熱不穩(wěn)定化合物、離子型化合物及高聚物的分離、分析較為困難，致使其應(yīng)用受到一定程度的限制，據(jù)統(tǒng)計只有大約20%的機物能用氣相色譜分析。而液相色譜是常溫操作，不受樣品揮發(fā)度和熱穩(wěn)定性的限制，它非常適合相對分子量較大，難汽化，不易揮發(fā)或?qū)崦舾械奈镔|(zhì)、離子型化合物和高聚物的分離分析，大約占有機物的70%~80%。
2、由于液體的擴散性比氣體的小，因此，溶質(zhì)在液相中的傳質(zhì)速率慢，柱外效應(yīng)就顯得特別重要；而在氣相色譜中，由色譜柱外區(qū)域引起的擴張可以忽略不計。
3、液相色譜中，制備樣品簡單，回收樣品也比較容易，而且回收是定量的，適合于大量制備，但液相色譜尚缺乏通用的檢測器，一起比較復(fù)雜，價格昂貴。在實際應(yīng)用中，這兩種技術(shù)是相互補充的。
4、液相色譜能完成難度較高的分離工作
1）氣相色譜的流動相載氣是色譜惰性的，基本不參與分配平衡過程，與樣品分子無親和作用，樣品分子主要與固定相相互作用。而在液相色譜中流動相液體也與固定相爭奪樣品分子，為提高選擇性增加了一個因素。也可選擇不同比例的兩種或兩種以上的液體做流動相，增加分離的選擇性。
2）液相色譜固定相類型多，如離子交換色譜和排阻色譜等，作為分析時，選擇余地大；而氣相色譜并不可能。
3）液相色譜通常在室溫下操作，較低的溫度，一般有利于色譜分離條件的選擇。
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高效液相色譜儀分析中進樣基線很好，保留時間能鎖定，壓力也穩(wěn)定，但是峰面積差別很大，大概有2倍的差別，這種情況出現(xiàn)的原因可能是多方面的，建議采用以下方法解決：
1、調(diào)換一根新色譜柱，如果情況一樣，則排除柱子的原因。
2、將在線過濾器拆下，用超聲波清洗，如果結(jié)果一樣，說明與在線過濾器無關(guān)。
3、考慮是不是進樣閥有問題或者定量環(huán)堵。建議多進幾針樣品，看是否有規(guī)律，如果沒有規(guī)律，應(yīng)檢查一下進樣器的其他部位，如果是進樣器系統(tǒng)出現(xiàn)問題，應(yīng)盡快解決之。
4、對進樣器清洗一下，清洗干凈后先進一針空白，再進樣，看看結(jié)果如何，如果有明顯減少，那可能是進樣器污染，有樣品殘留在進樣閥體內(nèi)，在切換的過程中被流動相帶入色譜柱。
5、考慮樣品溶液是否均勻。建議同一個濃度連續(xù)進樣5次，看一下結(jié)果如何變化，有沒有規(guī)律；如果是樣品溶液不均勻，可以再攪拌一下。
6、考慮光源是不是正常。
7、考慮濃度是否在線性范圍內(nèi)。有時候定量時濃度太高或太低都會產(chǎn)生較大的分析誤差。
8、考慮取樣方式是否正確，每次取樣后是否對針頭外面的附著液進行清除。
9、高效液相色譜儀的計算機軟件編制可能存在問題。對比可以適當改變軟件。
高效液相色譜儀分析中，選擇流動相時應(yīng)考慮流動相與填料的作用、純度、與檢測器的匹配、粘度、對樣品的溶解度和樣品回收等方面。
1、流動相與填料的作用：
流動相應(yīng)不改變填料的任何性質(zhì)。
低交聯(lián)度的離子交換樹脂和排阻色譜填料有時遇到某些有機相會溶脹或收縮，從而改變色譜柱填床的性質(zhì)。
堿性流動相不能用于硅膠柱系統(tǒng)。
酸性流動相不能用于氧化鋁和氧化鎂等吸附劑的柱系統(tǒng)。
2、純度：
色譜柱的壽命與大量流動相通過有關(guān)，特別是當溶劑所含雜質(zhì)在柱上積累時。
3、與檢測器的匹配：
當使用UVD時，所用流動相在檢測波長下應(yīng)沒有吸收或吸收很小。
當使用RID時，應(yīng)選擇折光系數(shù)與樣品差別較大的溶劑作流動相，以提高靈敏度。
4、粘度：
高粘度溶劑會影響溶質(zhì)的擴散和傳質(zhì)，使柱效降低，還會使柱壓增加，分離時間延長。盡量選擇沸點在100℃以下的流動相。
5、對樣品的溶解度：如果溶解度欠佳，樣品會在色譜柱內(nèi)沉淀，不但影響純化分離，而且會使色譜柱惡化。
6、樣品回收：應(yīng)選用揮發(fā)性溶劑。
高效液相色譜儀分析選擇流動相時應(yīng)注意的問題：
1.盡量使用高純度溶劑作流動相，防止微量雜質(zhì)長期累積損壞色譜柱和使檢測器噪聲增加。不純的溶劑會引起基線不穩(wěn)，產(chǎn)生偽峰。
2.避免流動相與固定相發(fā)生作用而使柱效下降和損壞色譜柱，如使固定液溶解流失和酸性溶劑破壞氧化鋁固定相等。
3.樣品在流動相中應(yīng)有適宜的溶解度，防止產(chǎn)生沉淀并在柱中沉積。
4.流動相粘度低（粘度適中）。若使用高粘度溶劑，會增高壓力，不利于分離。常用低粘度溶劑有丙酮、甲醇和乙腈等。但粘度過低的溶劑也不宜采用，如戊烷等，它們?nèi)菀自谏V柱和檢測器內(nèi)形成氣泡，影響分離。
5.化學穩(wěn)定性好。
6.流動相應(yīng)滿足檢測器的要求。
對于紫外吸收檢測器，應(yīng)注意選用檢測器波長比溶劑的紫外截止波長長。所謂溶劑的紫外截止波長是指當小于截止波長的輻射通過溶劑時，溶劑對此輻射產(chǎn)生強烈吸收，此時溶劑被看作是光學不透明的，會嚴重干擾組分的吸收測量。
對于示差折光檢測器，要求選擇與組分折光率有較大差別的溶劑作流動相，以達到zui高靈敏度。
液相色譜儀，看你分離的樣品的種類，看流動相是否和樣品互溶，分離程度，一般加水多少，甲醇，乙腈很多種，看樣品的沸點，溶解性。
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